复旦大学生物医学信息学实验室
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From data to discovery, and turning discovery into health!
 
1.组学数据挖掘和分析
 

组学数据分析,转录组数据分析,调控网络分析,测序分析等。

 

通过分析包括癌症在内重大疾病在基因组,转录组,蛋白组,代谢组的转变和癌症之间的异质性,对疾病的发生,发展,分型从系统上探究。通过整合多组学数据,有效地利用多组学数据之间的互补性,系统而全面的解释癌症的机理。目前实验室已在肝癌,卵巢癌等疾病上做了大量工作并取得了可喜的成果。

 

 

在这项工作中,通过转录组数据分析,实验室从大量样本表达谱中筛选出一组和HCC发病相关的 lncRNAs,并鉴定了其表达特征。从中我们选取一个名为lncRNA DANCR的基因,并使用公共数据分析了该基因在肝癌发病中所起到异质性、表型、预后和调控机制。Yuan sx ,Wang j et al.Hepatology.2016)

 

 

 

 

为了寻找更好的肝癌预后生物标志物,优化靶向治疗,实验室和东方肝胆医院进行合作在转录组和蛋白质组水平筛选功能性基因。研究工作发现ALDH2基因在转录、翻译,临床指症均表现出相关性。实验结果表明,ALDH2水平和HCC患者预后具有正相关性,而ALDH2过表达则出现抑制癌细胞侵袭现象。(Hou G, Chen L, Liu G, et al.Hepatology.2016)

 

 

 

863计划课题“组学大数据的质量控制与临床应用标准化研究”


该课题是国家863计划重大项目“生物大数据开发与利用关键技术研究”的重要组成部分,由复旦大学药学院石乐明教授负责,刘雷教授为子课题于负责人。课题编号:2015AA020104;承担年度:2015-2017;实验室承担任务:负责临床数据平台建设。课题旨在建立组学数据产生和分析的质量控制标准和流程,促进组学数据的临床应用。课题承担方复旦大学、主要合作单位有郑州大学第一附属医院、复旦大学泰州健康研究院、中国科学院计算技术研究所、上海张江转化医学研发中心、昌微系统科技(上海)有限公司等单位。

 

2.生物医学大数据平台建设


通过文本挖掘整理收集临床电子病历中的结构化数据用于临床分析;建立整合的临床资料数据中心、样本库信息管理系统和组学数据库;

 

3.精准医学知识库和知识图谱


药物临床试验信息管理系统;医学知识库构建与数据模型研发;精准医疗决策支持系统。

本课题组利用规范化的文献文本挖掘,人工校正等手段,构建精准医学知识库,并做展示。课题组目前已经承接十三五重大专项“疾病精准医疗知识库构建“。

 

“疾病研究精准医学知识库构建”

        “疾病研究精准医学知识库构建”是十三五国家重点研发计划项目,属于“精准医学”重点研发专项,于2016年获得国家科技部批准,项目牵头单位为复旦大学生物医学研究院,刘雷教授为项目首席,项目编号:2016YFC0901900项目执行期2016-2020年。
该项目主要研究任务是针对恶性肿瘤、心脑血管等重大疾病在内的全疾病谱,集成生物医学本体和多类型医学文本资源,并融合多层次生物信息数据,分析生物通路和网络的特征,通过多维自动化与人工审编,构建精准医学研究知识库体系及知识推送系统,实现精准医学知识库的检索、展示、管理与共享,以及面向科研与临床不同需求的知识库应用。更多


4.医学影像疾病诊断


运用优化算法对临床相关影片进行预测和诊断

                                                         医学图像智能诊断研究所

       经复旦大学大数据学院审批,医学图像智能诊断研究所成功建所,刘雷教授担任所长。研究所旨在利用先进算法对临床影像进行智能分析和诊断,出具建议性检验报告,减轻临床医生诊断压力,推进人工智能在医学诊断领域应用。

      目前研究所正在全力开展胸部医学疾病筛查系统与软件开发和研究工作,其中在肺部疾病诊断工作上已经取得一系列成果。

 

 

Biomedical Informatics Lab, Institute of Biomedical Science, Fudan University